Seit 1997 hat die AMLA unter anderem folgende Forschungsprojekte durchgeführt:

- Tauchuntersuchung im Hafen des wikingerzeitlichen Handelsplatzes Haithabu.

- Untersuchung und Beprobung von Wrack 4 (Prahm) im Hafen von Haithabu.

- Tauchuntersuchung des steinzeitlichen Küstenfundplatzes in Olpenitz.

- Untersuchung der mittelalterlichen Burganlage in Lütjensee, Kreis Stormarn.

- Ausstellung zur Dorfgeschichte von Lütjensee, Kreis Stormarn.

- Tauchuntersuchung des mittelalterlichen Fischzaunes bei Heiligenhafen.

- Tauchprospektion im Holzmaar bei Gillenfeld (Kreis Daun) in der Vulkaneifel. 

- Mitveranstalter des Internationalen Kongresses für

Unterwasserarchäologie in Sassnitz (IKUWA) im Frühjahr 1999.

- Unterwasserprospektion in der kleinen Bucht des Großen Binnensees bei Lütjenburg, (Kreis Plön).

- Im Frühjahr 2000 wurde die Tagung In Poseidons Reich 5 in Haithabu zusammen mit dem Archäologischen Landesmuseum und der Deguwa organisiert und veranstaltet.

- Ausfahrt mit dem Forschungskutter „Seefuchs“. Die Untersuchung hatte die Prospektion von Wracks in der Lübecker Bucht im Rahmen einer maritimen Landesaufnahme zum Ziel.

- Voruntersuchung und Bergung des eines mittelalterlichen Frachtenseglers in der Schlei, bei Karschau (Kreis Schleswig-Flensburg).

- Seit 2000 jährliche Beteiligung an der submarinen Ausgrabung eines Ertebølle-Fundplatzes im Vorhafengelände von Neustadt in Holstein.

- Tauchuntersuchung eines submarinen Waldes vor dem Kembser Strand bei Heiligenhafen.

- Vermessung und Bergung eines hochmittelalterlichen Wracks bei der so genannten Möweninsel in der Schlei vor Schleswig 2003.

- Ausrichtung der Tagung des Arbeitskreises Unterwasserarchäologie AKUWA 2003.

- Prospektionen der ostholsteinischen Seenplatte (u. a. Plöner See und Belauer See).

- Prospektion möglicher steinzeitlicher Torfkanten und Siedlungsreste im Bereich des Bülker Leuchtturmes bei Kiel.

- Prospektion im Windebyer Noor, Kreis Rendsburg-Eckernförde zu möglichen submarinen Bauten am Osterwall 2005.

- Wrackuntersuchung bei Wendtorf, Gemeinde Schönberg.

- Wrackuntersuchung bei Warnemünde, Rostock in Zusammenarbeit mit dem Landesamt für Bodendenkmalpflege Mecklenburg-Vorpommern 2006.

- Wrackuntersuchung vor Puttgarden, Insel Fehmarn in Zusammenarbeit mit dem Archäologischen Landesamt Schleswig Holstein (ALSH).

- Wrackuntersuchung „Flaschenwrack“ in der Kieler Bucht 2006. 

- Taucharchäologisches Survey im Krebssee, Kreis Herzogtum-Lauenburg

- Wrackuntersuchung des amerikanischen Viermastschoners „James C. Hamlen“ bei Friedrichsort-Kiel.

Mehr zu den jeweiligen Forschungsprojekten finden sie auch in den Jahresberichten (Starigard) des Fördervereins des Instituts für Ur- und Frühgeschichte (FUFG e.V.) unter: Tätigkeitsbericht der AMLA.